近年來，云南省在退耕還林生態效益監測工作中以監測站點布局為“切入點”，通過著力優化站點布設和網絡構建，基本建成了以“五大分區布局”“1+9站點布設”“靶向式監測”為重點的退耕還林生態效益監測布局網絡體系，生態效益監測效能全面提升。

在生態效益監測布局方面，云南省統一規劃了“五大分區”。按照滇東北亞熱帶云南松、濕潤常綠闊葉林監測區，滇西北青藏高原東南緣寒溫性針葉林、草甸監測區，滇中高原亞熱帶北部常綠闊葉林監測區，滇東南季風北緣熱帶雨林監測區，滇西南亞熱帶南部常綠闊葉林監測區等五大區域進行監測布局。這一布局既兼顧了云南省重點生態功能分區，又覆蓋了退耕還林工程建設重點地區，能夠全面反映退耕還林工程建設成效。

在生態效益監測功能站點布設上，云南省科學布設“1+9”監測站點。生態效益監測以滇東北云南會澤縣退耕還林生態效益監測站為“1站”建設重點，加強與相關科研院所和機構協作配合，整合了滇西北云南維西傈僳族自治縣退耕還林效益監測點、滇中高原云南昆明市滇中高原森林生態系統定位研究站、云南騰沖高黎貢山森林生態系統定位研究站等“9點”，形成了“1+9”站點協作、共享監測數據成果的效益監測網絡體系。

此外，云南還充分發揮“靶向式”生態效益監測功能。生態效益監測站點突出“靶向式”監測功能，各站點在統一監測涵養水源、保育土壤、固碳釋氧等基礎指標的同時，根據區域生態本底與退耕還林工程建設目標開展差異化監測，做到既有側重、又貫通協同，形成了“共性指標+特色指標”的科學組合框架，實現了對退耕還林成效的科學評估與動態追蹤。例如，會澤縣監測站重點監測不同退耕還林模式水土保持、涵養水源功能。高黎貢山地區站點重點追蹤退耕后生物多樣性及種群動態變化。元謀站點實時監測干熱河谷區土壤持水能力提升值。西雙版納地區站點重點監測熱帶季雨林邊緣效應。滇西北地區站點同步監測高海拔冷杉等喬木及高山草甸碳匯功能。